Komisja wykonuje budżet we współpracy z Państwami Członkowskimi zgodnie z przepisami rozporządzeń wydanych w wykonaniu artykułu 322, na własną odpowiedzialność i w granicach przyznanych środków, zgodnie z zasadą należytego zarządzania finansami. Państwa Członkowskie współpracują z Komisją w celu zapewnienia, aby środki były wykorzystywane zgodnie z zasadą należytego zarządzania finansami.

Rozporządzenie przewiduje obowiązki kontroli i audytu Państw Członkowskich w zakresie wykonania budżetu oraz wynikającą z nich odpowiedzialność. Przewiduje ono także obowiązki i szczegółowe zasady, według których każda instytucja uczestniczy w wykonywaniu swoich własnych wydatków.

W ramach budżetu Komisja może, w granicach i na warunkach określonych w rozporządzeniach wydanych w wykonaniu artykułu 322, przenosić środki z rozdziału do rozdziału bądź z podrozdziału do podrozdziału.