Kierownik jednostki kontrolowanej może cofnąć zgłoszone zastrzeżenia do wystąpienia pokontrolnego do chwili podjęcia uchwały w sprawie ich rozstrzygnięcia. Cofnięte zastrzeżenia pozostawia się bez rozpoznania. Postanowienie w tej sprawie wydaje odpowiednio Prezes Najwyższej Izby Kontroli, Kolegium Najwyższej Izby Kontroli, dyrektor właściwej jednostki kontrolnej lub zespół orzekający. Na postanowienie o pozostawieniu zastrzeżeń bez rozpoznania zażalenie nie przysługuje.