Organami Naczelnej Izby Aptekarskiej są:1) Krajowy Zjazd Aptekarzy; 2) Naczelna Rada Aptekarska; 3) Naczelna Komisja Rewizyjna; 4) Naczelny Sąd Aptekarski; 5) Naczelny Rzecznik Odpowiedzialności Zawodowej.