Agencję nadzoruje Komisja, która wydaje obowiązujące ją dyrektywy, posiada prawo weta w stosunku do jej decyzji oraz mianuje jej dyrektora generalnego i jego zastępcę.
Zainteresowane strony mogą występować do Komisji w sprawie każdego działania lub zaniechania dokonanego przez Agencję w wykonywaniu jej prawa pierwokupu lub wyłącznego prawa do zawierania umów o dostawy, zaś Komisja wydaje decyzję w takiej sprawie w ciągu miesiąca.