Środki Narodowego Funduszu przeznacza się także na odszkodowania wynikające z niewykonania lub nienależytego wykonania umów sprzedaży jednostek przyznanej emisji, zawieranych na podstawie ustawy z dnia 17 lipca 2009 r. o systemie zarządzania emisjami gazów cieplarnianych i innych substancji.