Jeżeli realizacja inwestycji kolejowej wymaga zgody wodnoprawnej, odpowiednio Państwowe Gospodarstwo Wodne Wody Polskie albo minister właściwy do spraw gospodarki wodnej udzielają tej zgody w terminie nie dłuższym niż 30 dni od dnia złożenia wniosku o jej wydanie. W sprawach dotyczących zgody wodnoprawnej nie stosuje się art. 396 pozwolenie wodnoprawne a ustalenia planu lub programów ust. 1 pkt 7, art. 407 wniosek o wydanie pozwolenia wodnoprawnego ust. 2 pkt 3 oraz art. 422 załączniki do zgłoszenia wodnoprawnego pkt 3 ustawy z dnia 20 lipca 2017 r. – Prawo wodne. Dla ustalenia stanu prawnego nieruchomości, o których mowa w art. 409 elementy części opisowej operatu wodnoprawnego ust. 1 pkt 2 lit. e ustawy z dnia 20 lipca 2017 r. – Prawo wodne, siedziby i adresy właścicieli tych nieruchomości określa się według katastru nieruchomości.